在使用自助存取款机存款时，如果提示钞票有问题但实际没问题，您可以采取以下措施来解决这一困扰。

首先，要保持冷静，不要惊慌。有时候，自助存取款机可能会因为一些技术原因或者对钞票的识别标准较为严格，而误判钞票存在问题。

您可以先仔细检查一下被提示有问题的钞票，确认其是否真的没有任何破损、污渍、折痕或者是粘贴痕迹等。如果您确认钞票完好无损，那么可以尝试重新放入自助存取款机。在重新放入时，注意将钞票整理整齐，尽量保证票面平整、方向一致。

如果再次放入后，仍然提示有问题，这时候您可以换一台自助存取款机进行操作。不同的机器可能在识别钞票的敏感度上有所差异。

倘若更换机器后依旧无法存款成功，那么建议您前往银行柜台办理存款业务。银行柜台的工作人员具有更专业的设备和经验，能够准确判断钞票的情况，并为您办理存款手续。

为了避免类似情况的再次发生，您可以在准备存款时，提前对钞票进行简单的整理和筛选。尽量选择较新、整洁、无明显折痕和污渍的钞票进行存款。

下面为您列出自助存取款机存款和银行柜台存款的一些对比：

存款方式 优点 缺点 自助存取款机存款 操作便捷，节省时间，24 小时可用 对钞票要求较高，可能出现识别错误 银行柜台存款 工作人员专业处理，准确性高 可能需要排队等待，受银行营业时间限制

总之，当自助存取款机提示钞票有问题但实际没问题时，不要着急，按照上述方法逐步尝试，一定能够顺利完成存款操作。